在火箭队设计下，美洛耶塔与小智及皮卡丘被捉到海底的神殿。原来坂木企图要利用龙卷云、雷电云与土地云这传说中的三只神奇宝贝来称霸合众地方。由写形镜之力...
合众联盟的举办地确定为桧垣市，小智一行人离开竹兰的别墅准备去参赛。在森林当中，他们和花园歌剧团的麻雅与丝巾神奇宝贝奇诺栗鼠、水树与花饰神奇宝贝裙儿...
小智一行人继续踏上旅途前往举办合众联盟的桧垣市。突然间勇猛神奇宝贝勇士鹰、鼹鼠神奇宝贝螺钉地鼠以及它们的训练家空朗和陆克兄弟出现，向小智与天桐挑战...
小智一行人在前往桧垣市的途中，顺便去了艾莉丝的故乡龙之乡。在故乡艾莉丝与儿时玩伴菖蒲重逢，菖蒲所培育的两只乱暴神奇宝贝双头龙是同一天从蛋里孵化，情...
小智一行人抵达了双龙市，艾莉丝充满斗志的挑战双龙道馆训练家夏卡。对站前艾莉丝为了让自己冷静下来爬上双龙市的铁塔，这行为引起了骚动。在与玛莎女士及学...
来到桧垣市附近山顶的小智一行人，打算强行穿越被岩石阻碍的道路，结果差点从山崖上掉下去。这时候带着进化神奇宝贝伊布的青年巴吉尔与太阳神奇宝贝太阳精灵...
小智一行人终于抵达举办合众联盟的桧垣市和白露、肯尼洋、修帝及巴吉尔等人重逢。大家顺利完成参赛登记后准备走回各自的宿舍时，在树林里看见了眼熟的帐棚，...
接连出现激战的合众联盟预赛中，轮到小智的皮卡丘对站修帝的君主蛇。君主蛇以最擅长的必杀技龙尾与困绑连续攻击，让皮卡丘陷入危机。即使以十万伏特拼命应战...
合众联盟桧垣大会很快进入赛事中段，小智等人都先回到宿舍。这时候皮卡丘发现牙牙不见了。一查才发现，牙牙是去追空中的气球，不小心与小智他们走散了。艾莉...
合众联盟桧垣大会精彩不断，顺利晋级第二轮的小智终于打入第三轮。这次小智的对手竟然是肯尼洋，在各大会中一起战斗的肯尼洋与小智，因为熟知彼此的本领，都...